這種方法分低溫和高溫兩種消毒法。低溫消毒法是將牛奶放入專門的巴氏消毒器中，將牛奶加熱至62℃～65℃，維持30分鐘；高溫消毒法是加熱至73.8℃～76.6℃，持續時間1～10分鐘，或82.2℃，時間不超過5分鐘。巴氏奶生產設備然后迅速冷卻到10℃。冷卻的目的是防止殘留的芽胞繁殖，并保持奶的品質。另外，使用土法也可達到消毒的目的。即用旺火煮后，在奶的表面迅速形成奶脂膜(以牛奶不溢出為準)，猶如一塊布蓋在海浪上一樣。從形成脂膜時計算，再煮15分鐘，就能達到巴氏消毒法的效果。  

    小型巴氏殺菌機的優點：  

    1）整機采用不銹鋼制造（電器元件除外），清洗方便，滿足國家對食品衛生的相關規定；  

    2）循環水泵前邊加有過濾系統（采用三角網孔過濾），以防止槽內雜質抽到泵中和長時間在殺菌（冷卻）槽內循環；過濾器清理口采用無工具拆裝，讓清理雜質簡單方便。在過濾器前邊和循環泵的后邊分別裝有閥門，以方便在過濾器清洗和循環泵的檢修過程中不至于把整槽水放掉以減少對資源的浪費。